Construcția Complexului Hidroenergetic Nistrean de către Ucraina a afectat atât calitatea apei Nistrului, cât și habitatul natural al florei și faunei, precum și a redus numărul speciilor. Printre efecte se numără reducerea debitelor maxime, cu aproximativ 30%, și apariția efectului pulsatoriu, cunoscut sub numele de hydropeaking, atunci când nivelul apei din râu crește sau scade în funcție de deversările hidroenergetice.
De asemenea, s-a observat răcirea apei râului în perioada caldă și încălzirea în perioada rece a anului, reducerea nivelului de substanțe nutritive, fluctuații semnificative ale nivelului de oxigen și supraaglomerarea cu vegetație a râului.
Alt efect este asupra economiei. Cu apa rece este mai complicat să asiguri irigarea terenurilor.
Acestea sunt câteva dintre concluziile preliminare ale studiu elaborat de o echipă de experți independenți, la comanda PNUD.
Poziția Republicii Moldova este că e necesar să existe un Regulament de funcționare a nodului hidrologic. Acesta trebuie în mod obligatoriu să prevadă și modalitatea de monitorizare și control asumată de țara noastră. Concluziile studiului vor fi subiectul negocierilor din octombrie cu partea ucraineană.