În luna iunie temperatura medie multianuală a aerului în teritoriu este cuprinsă între +18ºС la nord şi +20ºС la sud. Cea mai rece lună iunie pentru toată perioada de măsurători instrumentale a fost în anul 1949, când temperatura medie lunară a aerului s-a încadrat între +15,1ºC (Briceni) şi +17,0ºC (Tiraspol). Cea mai caldă lună iunie a fost înregistrată în anii 2012 și 2019, când temperatura medie lunară a aerului au oscilat între +20,6ºC (Briceni) și +24,0ºC (Dubăsari).
Valorile temperaturii medii zilnice a aerului în teritoriu pe parcursul lunii oscilează între +6..+10ºC (1962, 1977) și +28..+30ºC (1963, 2012). Minima absolută a temperaturii aerului pentru întreaga perioadă de observaţii a constituit în teritoriu +1,6ºC (Briceni, 1 iunie 1955), iar maxima absolută a atins +40,1ºC (Făleşti, 22 iunie 2012).
La începutul lunii iunie sunt posibile îngheţuri la suprafața solului, însă probabilitatea lor este foarte mică. Cea mai târzie dată de dispariţie a îngheţurilor este 1 iunie (Briceni, 1955 – -0,4ºC).
Numărul de zile cu temperatura maximă a aerului ≥+30ºC constituie în medie pe teritoriu 2 (Bravicea) – 6 (Tiraspol) zile, maximul observat fiind de 20 de zile (Râbnița, 1999). Numărul de zile cu temperatura maximă a aerului ≥+35ºC nu depășește în medie pe teritoriu 1 zi, însă în unii ani se pot semnala până la 8 zile (Fălești, 2012). Zile cu temperatura maximă a aerului ≥+40ºC au fost semnalate doar în anul 2012, la Fălești (1 zi).
Conform datelor observaţiilor multianuale, luna iunie este în fond cea mai ploioasă lună a anului. Cantitatea medie lunară de precipitaţii pe teritoriul țării constituie 55-100 mm, iar numărul zilelor cu precipitaţii este de 10-13 zile. Potrivit datelor observaţiilor multianuale, cea mai mare cantitate de precipitaţii lunară a atins 330 mm (Brăneşti, r-nul Râşcani, 1985), iar cea mai mare cantitate zilnică – 193 mm (Valea Rusului, r-nul Făleşti, 1985).
În luna iunie sunt posibile următoarele fenomene: oraj (în medie 7-10 zile), căderi de grindină (până la 1-4 zile), ceaţă (în medie 1-2 zile).
Dintre fenomenele meteorologice stihinice cel mai mare pericol în luna iunie îl prezintă aversele puternice de ploaie şi căderile de grindină, care se semnalează anual. Ploi de lungă durată sunt posibile în medie o dată în 4 ani, vânturi puternice (cu viteza mai mare de 25 m/s) – în medie o dată în 3 ani. Este posibilă formarea vârtejurilor. Astfel, la 27 iunie 1980 izolat în raioanele Slobozia și Căușeni s-a înregistrat un vârtej care au cauzat pagube considerabile economiei naționale.
Conform datelor multianuale, la începutul lunii (3-9 iunie) se observă înflorirea grâului de toamnă. În Republica Moldova perioada umplerii boabelor la grâul de toamnă (faza înflorirea – coacerea în lapte) durează în medie 15 zile. În a doua jumătate a lunii se semnalează de obicei coacerea în lapte.
Asigurarea cu umezeală în timpul umplerii boabelor la grâul de toamnă este în medie satisfăcătoare şi rezervele ei în stratul de sol cu grosimea de 1 m poate varia de la 90-120 mm în raioanele de nord ale țării până la 60-110 mm – în raioanele de sud. Coacerea în lapte a boabelor are loc în jumătatea a doua a lunii iunie.
La orzul de primăvară în prima jumătate a lunii iunie se semnalează înspicarea, în decada a treia – coacerea în lapte.
La porumb procesul creşterii intense a masei vegetale începe după formarea frunzei a cincea, care are loc în prima decadă a lunii iunie. Asigurarea cu umezeală a porumbului (în stratul de sol cu grosimea de 1 m) pe parcursul perioadei de vegetaţie în raioanele de sud ale țării nu depăşeşte 45-50% din cantitatea optimală, în raioanele centrale şi de nord – 60-70% din cea optimală.
La floarea-soarelui în a doua decadă a lunii iunie se semnalează formarea inflorescenţelor. Rezervele medii multianuale de umezeală productivă în stratul de sol cu grosimea 50 cm în această perioadă alcătuiesc circa 50-60 mm, fiind suficiente pentru creşterea şi dezvoltarea normală a plantelor.
La sfecla de zahăr în luna iunie se observă începutul îngroșării rădăcinii principale. Condiţiile favorabile pentru creşterea sfeclei de zahăr sunt create prin acumularea umezelii în stratul de sol cu grosimea de 1 m cu cantitatea mai mare de 100 mm.
În luna iunie în livezi se înregistrează creşterea fructelor, la cireş, vişin şi a soiurilor timpurii de cais – coacerea lor. La viţa de vie, conform datelor medii multianuale, în prima jumătate a lunii iunie se semnalează înflorirea.
Din fenomenele climatice nefavorabile pentru culturile agricole în luna iunie sunt secetele, suhoveiurile şi ploile torenţiale. În luna iunie suhoveiurile cu diferită intensitate se semnalează pe teritoriul țării în medie pe parcursul a 6-13 zile. Ploile torenţiale pot provoca căderea, dezrădăcinarea plantelor şi chiar spălarea semănăturilor.